Cheikh Anta Diop est né le 29 décembre 1923 à Thieytou, dans la région de Diourbel (Sénégal). À l'âge de 23 ans, il part pour Paris pour étudier la physique et la chimie mais se tourne aussi vers l'histoire et les sciences sociales. Il adopte un point de vue spécifiquement africain face à la vision de certains auteurs de l'époque, selon laquelle les Africains sont des peuples sans passé.
En 1951, Diop prépare une thèse de doctorat, dans laquelle il affirme que l'Égypte antique était peuplée d'Africains noir et que la langue et la culture égyptiennes se sont ensuite diffusées dans l'Afrique de l'Ouest. Il poursuit dans le même temps une spécialisation en physique nucléaire au laboratoire de chimie nucléaire du Collège de France.
Il s'appuie sur des citations d'auteurs anciens comme Hérodote et Strabon pour illustrer sa théorie selon laquelle les Égyptiens anciens présentaient les mêmes traits physiques que les Africains noirs d'aujourd'hui (couleur de la peau, aspect des cheveux, du nez et des lèvres). Son interprétation de données d'ordre anthropologique et archéologique l'amènent à conclure que la culture égyptienne est une culture nègre.
Dès 1966, il crée au sein de l’Université de Dakar le premier laboratoire africain de datation des fossiles archéologiques au radiocarbon en collaboration avec celui du Commissariat français à l'énergie atomique (CEA) de Gif-sur-Yvette. Il y effectue également des tests de mélanine sur des échantillons de peau de momies égyptiennes,.
Dans les années 1970, Diop participe au comité scientifique qui dirige, dans le cadre de l'UNESCO, la rédaction d'une Histoire générale de l'Afrique. Dans le cadre de la rédaction de cet ouvrage, il participe en 1974 au Colloque international du Caire et il lui est confié la rédaction du chapitre consacré à l'Origine des anciens Égyptiens.
Par ailleurs, dès 1947, Diop s'engage politiquement en faveur de l'indépendance des pays africains et de la constitution d'un État fédéral en Afrique.
Sa confrontation, au Sénégal, avec le chantre de la Négritude Léopold Sédar Senghor serait l'un des épisodes intellectuels et politiques les plus marquants de l'histoire contemporaine de l'Afrique Noire.
En 1966, lors du premier Festival mondial des Arts nègres de Dakar, Diop a été distingué comme « l'auteur africain qui a exercé le plus d'influence sur le XXe siècle».
Cheikh Anta Diop meurt dans son sommeil à Dakar, le 7 février 1986.
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